施工合同主体纠纷的原因主要有以下几点：
第一种是因建设工程质量所产生的纠纷；
第二种是因发包人拖欠工程款产生的纠纷；
第三种是被挂靠人与挂靠人之间存在工程欠款或管理费产生的纠纷；
第四种是拖欠供应商、雇用人员工资产生的纠纷。
下面对各类型纠纷进行分析：
1、关于第一种纠纷，根据《解释》第二十五条规定因建设工程质量发生争议的，发包人可双总承包人、分包人和实际施工人为共同被告提起诉讼，该条规定与《意见》第43条规定内容是相一致的。
因此，因建设工程质量问题产生的纠纷，应以发包人为原告，总承包人、分包人和实际施工人为共同被告，在挂靠中就是挂靠人和被挂靠人都做为共同被告。
2、关于第二种纠纷，发包人是债务人，被挂靠人是名义上的债权人，挂靠人是实际上的债权人。
根据合同相对性原理，挂靠人不能向发包人主张权利，只能由被挂靠人向发包人主张权利。
但《解释》第二十六条的规定，突破了合同相对性原理，赋予挂靠人为原告，可以以发包人为被告提起诉讼。
3、关于第三种纠纷，在排除发包人欠付工程款以外，应根据合同相对性来处理，即诉讼主体是挂靠双方。
如果发包人欠付工程款的，导致被挂靠人拖欠挂靠人工程款的，按《解释》第二十六条规定，挂靠人为原告，发包人、被挂靠人为被告。
但后两者并不是共同被告，挂靠人可以选择其中一个起诉，也可以选择两者都为被告。

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十五条
当事人对垫资和垫资利息有约定，承包人请求按照约定返还垫资及其利息的，人民法院应予支持，但是约定的利息计算标准高于垫资时的同类贷款利率或者同期贷款市场报价利率的部分除外。
当事人对垫资没有约定的，按照工程欠款处理。
当事人对垫资利息没有约定，承包人请求支付利息的，人民法院不予支持。