一般是有效的。签订医疗科室承包合同时，当事人有民事行为能力，是真实意思表示，不违反法律强制性规定和公序良俗的，具有法律效力。合同存在下列情形的就算违法：1、合同内容或情形违反法律法规强制性规定的；2、签订合同的主体是无民事行为能力人的；3、合同行为人与相对人恶意串通，损害他人合法权益签订的；4、违背公序良俗的；5、有行为人与相对人以虚假的意思表示订立的等情形的。

《民法典》第一百四十三条，具备下列条件的民事法律行为有效：（一）行为人具有相应的民事行为能力；（二）意思表示真实；（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。