车辆债权转让纠纷的处理方式有以下两种：
（1）协商处理。
（2）到法院起诉。
需要注意的问题是，当采取诉讼的方式解决纠纷时，应当注意三年诉讼时效的限制。
只要双方能就纠纷达成一致，就可以协商处理，否则就只能到法院起诉处理。

《民法典》第五百二十四条
债务人不履行债务，第三人对履行该债务具有合法利益的，第三人有权向债权人代为履行；
但是，根据债务性质、按照当事人约定或者依照法律规定只能由债务人履行的除外。
债权人接受第三人履行后，其对债务人的债权转让给第三人，但是债务人和第三人另有约定的除外。