在婚姻关系中，任何关于财产分配和管理的行为都必须合法和公正。
分居期间擅自转移共有财产的行为在法律层面上被视为非法行为。
根据相关规定，夫妻双方对于共同财产享有平等的所有权和支配权。
因此，若有一方在分居期间未经另一方同意而擅自转移财产，那么另一方有权通过法律手段来保护自身的合法权益。
为了实现这一目的，首先，您需要尽可能地搜集到对方转移财产的确凿证据，例如银行账户流水、交易记录等等。
接下来，您可以向当地法院提交诉讼申请，请求重新对夫妻共同财产进行合理分割，同时对实施了不当财产转移行为的一方施以适当的法律制裁。

《中华人民共和国民法典》第一千零九十二条
夫妻一方隐藏、转移、变卖、毁损、挥霍夫妻共同财产，或者伪造夫妻共同债务企图侵占另一方财产的，在离婚分割夫妻共同财产时，对该方可以少分或者不分。离婚后，另一方发现有上述行为的，可以向人民法院提起诉讼，请求再次分割夫妻共同财产。