证明双方分居满两年的依据主要包括如下几方面：
首先，一份由一方自行安置于外居住的租房合同；
其次，双方共同签署的关于夫妻分居事宜的书面协议书；
再次，由一方向另一方提出并发送的明确表示要进行分居生活的书面文件；
再者，双方之间往来的书信尤其是电子邮件等具有说服力的材料可以直观展现双方因感情纠葛而选择分居的事实真相；
此外，亲朋好友的旁观见证也能起到一定程度上的辅助作用。
然而仅仅证实已经分居两年并不足以构成感情破裂的充分条件，还需进一步追查到底是否因感情冲突而导致了分居这一结果。

《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。