一、离婚程序不同。民政局协议离婚优点是比较方便，只要双方达成一致意见即可随时领取离婚证。而在法院达成调解协议则程序较繁琐，需先立案后开庭再判决。
二、经济成本不同。民政局协议离婚经济成本低，而法院调解离婚，无夫妻共同财产分割的，五十元;涉及财产分割的，需按照财产标的收费。
三、协议履行不同。从协议的履行方面来看，民政局协议离婚所备案的离婚协议书虽然有效，但是不具有强制执行的效力，当一方不履行协议内容时，另一方必须向法院另行起诉解决，而协议书中所约定的内容，并不是百分之百得到法律的支持。一旦产生纠纷，仍需法院判决，具有很大的不确定性。
通过法院达成的调解协议离婚，有法院下达的调解书，具有可强制执行的效力。
四、内容审查不同。从协议内容来看，民政局对于离婚协议的内容基本不审查，由双方当事人协商一致就可以。

《民法典》第一千零七十八条
婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
对于婚姻案件二审期限是三个月，判决不准离婚和调解和好的离婚案件，判决、调解维持的案件，没有新情况、新理由，原告在六个月内又起诉的，不予受理。