处理商品房预售合同纠纷的程序如下所述：
1.若双方之间在合同中有明确的约定，应当按照约定的内容执行；
2.倘若合同中并未作出明文约定，则根据该类合同的性质和实际情况，协商决定解决方案；
3.如通过上述方法仍无法就相关事宜达成共识，可寻求基层组织的协助，由其进行调解工作；
4.若经过调解后仍然未能解决问题，当事人有权向法院提起诉讼；
5.如果当事人在签署合同时已经订立了仲裁协议或者在合同条款中明确规定了仲裁事项，那么他们可以选择向仲裁机构提出仲裁申请；
6.在某些特殊情况下，行为人亦可直接选择诉讼或仲裁途径来解决争议。

《民法典》第四百七十条
合同的内容由当事人约定，一般包括下列条
款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。