对于店铺转让合同存在缺陷的情况，我们应当采取以下措施：对于已经获取的店铺或款项，应予退回；如无法退回或无须退回的，应当以公平合理的方式折算并补偿给当事人。而对于作出错误行为导致合同失败的一方，他们应当负责赔偿对方因此所承受的所有损失。如果出现各方均有过失且责任程度相当的情形，则应由各相关方分别承担相应的赔偿责任。

《民法典》第一百五十六条民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。