上海缴纳契税时对于二套房的认定标准是：
1.贷款买过一套房，商业贷款未结清再次贷款买房的为二套房；
2.个人名下有两套房的商业贷款记录，一套已还清另一套未还清再次贷款的为二套房；
3.夫妻一方婚前使用商业贷款另一方婚前使用公积金贷款，婚后以夫妻名义共同贷款贷款未还清的为二套房。
所谓二套房，是指以借款人家庭（包括借款人、配偶及未成年子女）为单位认定的，借款人家庭人均住房面积高于当地平均水平的已利用住房公积金贷款购房的家庭，再次向商业银行申请住房贷款的房贷房。
家庭范围包括购买人、配偶以及未成年子女，父母与成年子女共同购房的，视为两个家庭购房，具体的家庭住房套数根据房管部门出具的居民家庭原有住房信息书面查询结果确定。
按照国家规定购买的二套房，契税不享受优惠政策，应当按照房价3%的税率缴纳。

《中华人民共和国契税法》第三条
契税税率为百分之三至百分之五。
契税的具体适用税率，由省、自治区、直辖市人民政府在前款规定的税率幅度内提出，报同级人民代表大会常务委员会决定，并报全国人民代表大会常务委员会和国务院备案。
省、自治区、直辖市可以依照前款规定的程序对不同主体、不同地区、不同类型的住房的权属转移确定差别税率。