倘若法定代表人欲决定终止公司运营，然而大股东却不予配合，那么这无疑将是一项颇为棘手的问题。
在这种情况下，法定代表人应首先尝试与大股东展开深入的交流与磋商，明确地阐述终止公司运营的必要性以及其合理性所在。
若经过充分的沟通与协商后仍无法达成共识的话，法定代表人可依照公司章程的相关条款进行处理。
假如公司章程对公司终止运营事宜做出了具体的程序和条件规范，并且大股东的不配合行为明显违反了章程条款，则法定代表人可根据这些法规酌情采取相应措施。
除此之外，根据《中华人民共和国公司法》相关条文规定：当公司经营管理出现严重困境，若继续维持运营将导致股东权益遭受重大损害，而通过其他措施又无法解决此问题时，拥有公司全体股东表决权超过百分之十以上的股东有权请求人民法院宣告公司解散。
如果公司的实际经营状况确已面临重大困难，法定代表人同时符合上述提到的所有条件，那么他亦不妨考虑寻求向法院提起解散公司的诉讼途径。

《中华人民共和国公司法》第一百八十条
公司因下列原因解散：（一）公司章程规定的营业期限届满或者公司章程规定的其他解散事由出现；（二）股东会或者股东大会决议解散；（三）因公司合并或者分立需要解散；（四）依法被吊销营业执照、责令关闭或者被撤销；（五）人民法院依照本法第一百八十二条的规定予以解散。