若借款协议内的偿还款项系由第三方代为支付，则债权人（原告）在提出诉讼之时，应将该第三方（即实际支付款项之人）列为第三人或证人纳入诉讼程序之中，以便证实借款事实及款项支付状况。
在此过程中，债权人需向人民法院递交起诉状，详细阐述借款协议的具体条款、第三方支付款项的具体情形以及债权人的诉讼请求。
倘若债权人在撰写起诉状方面存在困难，亦可选择口头起诉方式，由人民法院进行记录备案。
人民法院应对债权人的起诉权予以充分保障，对于符合法定起诉条件的案件，必须依法受理，并于七个工作日内决定是否立案或者作出不予受理的裁定。
如债权人对此类裁定持有异议，有权向上一级人民法院提起上诉。
在正式起诉之际，债权人除提供借款协议、第三方支付款项的相关凭证以及债权人本人的身份证明文件之外，还需要提供多个重磅级别的证据材料，以充分支撑其诉讼请求。
此外，债权人务必要准确地指出其诉讼请求的法律依据，其中包括但不仅限于民法典关于借款合同的具体规范、民法典关于债权债务关系的基本原则等等。
总而言之，依照《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，债权人应当向人民法院提起诉讼，要求债务人履行偿付借款的义务。
若第三方已实际支付款项，债权人在起诉状中务必详尽陈述此一事实，并提供相应的证据加以佐证。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条
起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。