关于农村合作医疗保险与职工医保之间存在的差异，主要体现在以下四个方面：
首先，两种保险所覆盖的人群范围有所限定，其具体内容如下：
其一，农村合作医疗保险仅限于拥有农业户籍的人士办理，而对于其他非农业户口则无法参与；其二，对于包含的各类用人单位及其职工，无论其所属类型如国有企业、集体企业、外资投资企业还是私营企业等都需要参与其中；
此外，机关、失业单位以及社会团体、民办非企业单位等亦在此列之中。
然而，至于乡镇企业及其职工、城市个人经济组织及其从业人员是否应办理职工医保，须根据地方政府机构的相关政策加以规定。
其次，在资金筹措上，两种保险的缴费责任主体有所不同。
农村合作医疗保险主要由农民个人、集体及政府出资，形成三方共济模式以确保该保险能为广大农民群众提供基本医疗保障服务；而职工医保的资金来源则主要依靠劳动者及用人单位缴纳，形成公司与个人共进的形式，以确保其对劳动者的医疗保障功能。
其次，二者的缴费方式亦存在显著差别。
农村合作医疗保险注重自愿原则，无强制要求，即农户愿意参与即可，无需办理手续，且实行家庭承包制。
职工医保则相对严格，以用人单位为主，需按规定为其雇员办理职工医保，并达到相应的缴费期方可享受疾病保障；
同时，首次参加后，后续医疗费用将自动从薪水中扣除，由公司及劳动者共同分担支付。
最后，从报销比例来看，两类保险各有千秋。
农村合作医疗保险缺乏个人账户，报销比例相对较低，同时报销额度有上限，因该保险采取年度投保制度，故只针对当年发生的医疗费用进行补偿；而职工医保则设有个人账户，定期向患者亲属账号注入费用，报销比例较高，尽管存在起付线限制，但其最高报销限额较高，医疗费用亦无封顶制约。
只要参保者满足特定的缴费期限，便可享受到终身医疗保险福利。

《中华人民共和国社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度；保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。