医疗事故罪应当由公安机关进行调查，公安机关在接到报案或者是知道时间发生之日起就应当即刻进行立案侦查。
其次应当由卫生行政部门来配合调查。卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告,应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。

《刑事诉讼法》第三条对刑事案件的侦查、拘留、执行逮捕、预审，由公安机关负责。检察、批准逮捕、检察机关直接受理的案件的侦查、提起公诉，由人民检察院负责。审判由人民法院负责。除法律特别规定的以外，其他任何机关、团体和个人都无权行使这些权力。
人民法院、人民检察院和公安机关进行刑事诉讼，必须严格遵守本法和其他法律的有关规定。