建档立卡贫困户住院报销比例如下:
1、居民报销比例:镇卫生院报销60%;二级医院报销40%;三级医院报销30%；
2、城镇居民，在一个结算年度内，发生符合报销范围的10万元以下的医疗费，三级医院起付标准为659元，报销比例为50%上限为2000元;二级医院住院起付标准为300元，报销比例为55%;一级医院不设起付标准，报销比例为60%。
建档立卡贫困户的申请
1、提供材料需要农户提供相关证件。
2、户主本人向户籍所在地的乡政府委托，在乡（镇）人民政府审核后，报县级人民政府民政部门审批。
3、没有异议的，就可以选择民主公示，公示有异议的，要进行调查核实，认真处理。
4、国家直接发放至最低生活保障对象账户。

《中华人民共和国社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。