摩托车的协议过户，就是指摩托车的所有权从一个人转移到另一个人。在这个过程中，是否存在吃亏的情况，主要取决于双方的协议内容和过户的具体情况。
如果卖方把摩托车以低于市场价的价格卖给买方，那么从经济角度来看，卖方可能会吃亏。反之，如果买方以高于市场价的价格购买摩托车，那么买方可能会吃亏。
过户过程中可能会产生一些费用，比如过户手续费、税费等。谁承担这些费用，需要在协议中明确。如果这些费用全部由一方承担，那么这一方可能会有吃亏的感觉。
如果摩托车存在一些隐患或问题，而买方在购买时并未发现，那么买方在过户后可能会面临维修或更换部件的额外费用，从而产生吃亏的感觉。
如果过户手续不完整，或者没有按照法律规定的程序进行，可能会导致一些法律问题，如交通违章罚款、事故责任等问题未能及时转移，那么无论是买方还是卖方，都可能因此吃亏。
因此，为了确保过户的公平公正，双方应当在过户前就各种可能的问题进行充分的沟通和协商，明确各自的权利和义务，并在协议中做出详细的约定。

《民法典》第二百二十四条
动产物权的设立和转让，自交付时发生效力，但是法律另有规定的除外。