哺乳期协议离婚时孩子抚养权的归属问题，通常情况下会判给母亲，但也有一些特殊情形需要具体分析。
1.原则上归母亲的原因：
依据我国相关法律规定，离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
哺乳期的孩子大多未满两周岁，这个阶段的婴儿非常需要母亲的悉心照料。
从生理角度来看，母亲能够为孩子提供母乳，这是最适合婴儿成长的天然食物，对孩子的健康发育有着至关重要的作用。
从心理层面讲，母亲在长期的孕育过程中与孩子建立了特殊的情感联系，更能敏锐地感知孩子的需求，给予孩子足够的安全感和关爱，所以一般抚养权会判给母亲。
2.特殊情况归父亲的情形：
若母亲出现特定状况，父亲请求直接抚养，法院会予以支持。
比如，母亲患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，像某些具有传染性的肝病、严重的精神疾病等，这种情况下子女与其共同生活可能会受到不良影响，不利于孩子的健康成长。
或者母亲有抚养条件却不尽抚养义务，比如有经济能力却对孩子不管不顾，而父亲要求子女随其生活。
还有因其他原因，例如母亲的生活环境存在严重安全隐患等，导致子女确实不宜随母亲生活，此时抚养权可能会判给父亲。

案情回顾:

小朱和小李在哺乳期协议离婚，就孩子抚养权产生争议。小朱认为自己是母亲，应获抚养权，小李则称小朱患有传染性疾病，不适合抚养孩子，自己更适合抚养。

案情分析:

1、一般而言，哺乳期孩子大多未满两周岁，从生理上母亲能提供母乳利于孩子发育，心理上母亲与孩子有特殊情感联系，能给予孩子安全感和关爱，所以原则上抚养权应归母亲小朱。
2、但小朱若确实患有久治不愈的传染性疾病，可能影响孩子健康成长，这种特殊情况下，法院会考虑将抚养权判给父亲小李。