如果协议离婚时两个孩子归一方，在这个过程中有一些要点需要特别注意：
一、确保约定的合法性
在协议中关于孩子抚养权的约定，必须建立在双方完全自愿且协商一致的基础上。
同时，该约定不能与法律法规的强制性规定相冲突，也绝不能损害到子女的利益。
例如，不能因为一方急于离婚就放弃对孩子应有的权益保障，或者约定一些不合理的抚养条件。
只有满足这些条件，这样的约定才是合法有效的，才能为后续孩子的成长提供坚实的法律保障。
二、明确抚养义务
即使一方不直接抚养孩子，其抚养义务依然存在。
按照协议约定或者法院判决，这一方需要按时支付抚养费。
抚养费的数额并非随意确定，而是要综合多方面因素，
三、保障探视权
不直接抚养孩子的一方依法享有探视权。
为了保障其与子女的正常联系和情感交流，双方可以在协议中详细、明确地约定具体的探视方式和时间。
四、考虑变更可能
在孩子成长过程中，若出现法定情形，如直接抚养方因为经济困难、身体原因等无力继续抚养孩子，或者其行为对子女身心健康产生不利影响等，另一方可以通过与对方协商或者向法院提起诉讼的方式，请求变更抚养权，以更好地保障孩子的权益。

案情回顾:

小朱和小李协议离婚，约定两个孩子归小朱抚养。但之后小李认为协议中抚养费数额过低，且探视时间不明确，小朱还曾因经济困难无力很好地抚养孩子，小李便想变更抚养权，双方因此产生争议。

案情分析:

1、关于协议约定合法性，当初协议需双方自愿且协商一致，不能违反法规、损害子女利益，若存在不合理约定则可能影响效力。
2、明确抚养义务方面，抚养费应综合孩子需求和双方经济状况确定，数额不合理可协商调整。
3、保障探视权上，双方应明确具体探视方式和时间，若不明确可协商补充。
4、考虑变更可能，出现法定情形如小朱经济困难无力抚养等，小李有权请求变更抚养权。