当抚养权在女方，但实际由男方抚养时，可通过以下两种常见方式来妥善办理相关事宜：
一、协商变更抚养权
男女双方可以心平气和地就抚养权变更的具体事宜展开深入协商。
在协商过程中，要充分考虑到孩子的成长需求以及双方的实际情况。
达成一致意见后，需签订一份书面的抚养权变更协议。
这份协议至关重要，它应清晰、明确地约定抚养权归男方。
同时，对于探视权也要作出合理安排。
比如，明确女方探视孩子的时间、地点和方式，确保女方能够正常行使探视权，与孩子保持亲密联系。
对于抚养费的问题，要根据双方的经济状况和孩子的实际生活需要，确定合理的数额及支付方式。
这样的协议对双方都具有法律约束力，双方都应严格遵守。
二、诉讼变更抚养权
若双方经过多次沟通和协商，仍无法就抚养权变更达成一致意见，男方可以向法院提起变更抚养权的诉讼。
在诉讼过程中，男方需要承担举证责任。
男方要提供充分的证据，证明女方存在不适合继续抚养孩子的情形。
例如，女方患有严重疾病，可能会影响孩子的健康成长；或者女方长期不尽抚养义务，对孩子的生活、学习等方面疏于照顾。
另外，男方还需证明自己更有利于孩子的成长，比如自身的经济条件更好，能够为孩子提供更优质的生活和教育资源；孩子长期随自己生活，已经建立了稳定的生活环境和情感联系等。
法院会综合各种具体情况，作出公正、合理的判决。

案情回顾:

小朱和小李离婚后，孩子抚养权归小李（女方），但实际由小朱（男方）抚养。小朱想正式变更抚养权，与小李协商，小李起初不同意，后虽同意但对探视权和抚养费安排存争议，协商陷入僵局，小朱遂起诉至法院。

案情分析:

1、协商变更时，双方应充分考虑孩子需求与自身情况。若能达成一致并签订书面协议，对探视权、抚养费作出明确约定，协议便具法律效力。本案中双方未能协商成功。
2、诉讼变更时，小朱需举证。如证明小李存在不适合抚养情形，及自身更有利于孩子成长。法院会综合考量，作出公正判决。