二婚婚后协议其实不需要去特定的部门进行登记。
婚后协议主要是夫妻二人针对婚姻关系存续期间以及婚前的财产、债务等相关事宜所做的约定，这属于民事法律行为的范畴。
只要夫妻双方心甘情愿地达成了这样的协议，并且协议的内容没有触犯法律、行政法规的强制性规定，也没有违背社会的公序良俗，那么它就具备法律效力。
双方可以把协议一式两份，分别保管一份，这样也能方便日后查看和参照。
当然，他们也可以请律师或者其他第三方来作为见证人，这样能让协议的证明力更强一些。
要是以后真的发生了纠纷，夫妻双方就可以依据这个协议向法院提起诉讼，法院会依据协议的内容以及相关的法律规定来进行裁判，从而妥善地解决问题。