婚后两人自行撰写的协议，通常情况下是有效的，不过需要满足相应条件。
具体如下：
1.真实表意且合法合规：协议必须是双方真实意思的体现，不存在欺诈、胁迫等情形。
同时，不能违反法律法规的强制性规定以及公序良俗。
例如在财产约定方面，要清晰明确财产的具体归属、分割方式等细节。
而且，双方需在平等、自愿的基础上达成一致，这样的财产约定协议就具备法律效力。
2.遵循特定程序：若协议涉及法律规定必须由特定主体作出或者必须经过特定程序的事项，比如离婚协议中关于子女抚养、财产分割等重大问题。
除了双方签字之外，还需到民政部门办理离婚登记等相关手续，否则可能无法产生法律效力。
总之，婚后自行书写的协议是否有效，需依据具体情况判断。
倘若存在疑虑，最好咨询专业律师，从而获得更为准确的法律意见。

案情回顾:

小朱和小李婚后自行撰写了一份财产协议，约定了部分财产归属。但后来小朱认为协议是在小李胁迫下签署的，且部分财产分割细节不明确，主张协议无效；小李则坚称协议是双方真实意愿体现，双方为此产生争议。

案情分析:

1、关于是否真实表意且合法合规方面，若小朱能提供证据证明签署协议时存在胁迫情形，或者协议内容违反法律法规强制性规定、公序良俗，那该协议可能无效；若无法证明，且协议内容清晰明确财产归属等细节，则可能有效。
2、此协议不涉及需特定程序事项。若仅是财产协议，双方平等自愿达成一致并签字，在不存在上述无效情形时，协议通常有效。