在离婚的相关法律规定中，分居两年后协议离婚是需要经历冷静期的。
根据《民法典》的明确要求，当婚姻登记机关收到离婚登记申请的那一刻起，接下来的三十日内，倘若其中任何一方改变了离婚的主意，都可以向婚姻登记机关提出撤回离婚登记申请的请求。
而过了这规定的三十日期限之后，在接下来的三十日内，夫妻双方必须亲自前往婚姻登记机关，申请领取离婚证。
要是双方没有在规定时间内去申请，那就等同于自动撤回了离婚登记申请。
即便夫妻已经分居了长达两年之久，在办理协议离婚的过程中，依然得严格遵守这样的冷静期规定。
这一规定的存在，主要是为了确保离婚这件大事能够更加慎重地进行，避免因为一时的冲动而做出离婚的决定，从而给双方都留出足够的时间去认真考虑和充分协商，以保障离婚过程的合理性和公正性。
所以，无论是分居多久，协议离婚都必须经过三十日的冷静期以及后续的相关程序。