在土地确权过程中遇到面积差异的问题，须依据以下几种不同的情况进行妥善处置：若承包面积低于实际面积，则应将实际面积作为确认依据；对于已经获得补偿且已被占用的土地，在确权程序中应当根据相关政策予以扣除；针对那些无法恢复耕种的承包地，应按照其原始用途及面积进行确权登记；而对于在村、组内部因修建公路、学校、办公室等生产公益事业所占用的承包地，仍需依照原有农村二轮承包面积进行确权登记；
最后，对于其他特殊情况也需要根据具体情况进行相应处理。

《中华人民共和国土地管理法》第十一条农民集体所有的土地依法属于村农民集体所有的，由村集体经济组织或者村民委员会经营、管理；已经分别属于村内两个以上农村集体经济组织的农民集体所有的，由村内各该农村集体经济组织或者村民小组经营、管理；已经属于乡（镇）农民集体所有的，由乡（镇）农村集体经济组织经营、管理。第十二条土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。