在商业合同中的商铺返租协议部分，仲裁条款的实施往往遵循着双方事先在合约中所设定的仲裁机构及其相应的仲裁规则来展开运作。若合约已明确指定某个特定的仲裁机构，各方当事人应当依照该机构所制定的程序，向其提交仲裁申请、答辩以及积极参与整个仲裁过程。
然而，倘若在合同中并未明确指明仲裁机构，或者当事人对于仲裁机构的选定存在分歧，则可依据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，通过当事人之间的协商来确定合适的仲裁机构，或者请求人民法院对此作出裁决。

《中华人民共和国仲裁法》第四条
当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。