关于两套房一本产证的分割问题，可依据不同情形进行处理，以下为你详细介绍：
1.协商分割：
当涉及两套房一本产证需要分割时，产权人之间首先可以尝试通过协商来解决。
这种方式比较灵活，能够充分考虑到各方的意愿和实际情况。
协商达成一致后，需通过签订详细的书面协议，将协商结果明确下来。
之后，可向相关部门申请办理产权变更登记手续，使分割结果具有法律效力。
2.司法分割：
若产权人之间无法通过协商达成一致意见，那么就可以向法院提起诉讼，通过司法途径来解决分割问题。
法院在处理此类案件时，会综合考虑多种因素。
法院会按照公平合理的原则进行分割，可能会确定各方对房屋享有的具体份额。
在符合一定条件的情况下，法院也可能会判决其中一方取得房屋的所有权，同时给予其他方相应的经济补偿。
需要注意的是，具体的分割方式和最终结果，要根据实际发生的具体情况以及相关的法律规定来确定，以确保分割过程合法、公正。

案情回顾:

小朱和小李共有两套房但只有一本产证，在分割房产时产生争议。小朱想按面积分，自己要大面积房；小李则看重位置好有投资潜力的那套。协商不成后，小李起诉至法院，要求按出资比例分割。

案情分析:

1、在协商分割阶段，双方应充分考虑彼此意愿和实际情况。但本案中双方诉求不同，未能协商一致，导致矛盾升级。
2、进入司法分割阶段，法院会综合考量房屋来源、出资情况及各方对房屋的贡献等因素。