在破产清算的过程中，若发现企业的资产无法完全覆盖应付员工赔偿的金额，那么依照相关的法律程序与原则进行相应处理。
首先，需优先清偿破产费用及共同受益债务。
接下来，根据法律明文规定的顺序依次偿还员工的薪资、医疗费用、工伤补偿款项、抚慰补贴等。
对于员工个人账户内应划拨的基本养老保险金、基本医疗保险费及依法依规应支付给员工的补偿金则应一并进行清偿。
在此前提下，若财产清偿依然未能满足员工赔偿需求，员工可能难以得到全额赔偿。
然而，在这样的情况下，员工可积极寻找破产企业可能存在的其他财产线索，或者在法律许可的范围内寻求其他可能的救助途径。

《中华人民共和国企业破产法》第一百一十三条
破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后,依照下列顺序清偿:
(一)破产人所欠职工的工资和医疗、伤残补助、抚恤费用,所欠的应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用,以及法律、行政法规规定应当支付给职工的补偿金;
(二)破产人欠缴的除前项规定以外的社会保险费用和破产人所欠税款;
(三)普通破产债权。
破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求的,按照比例分配。
破产企业的董事、监事和高级管理人员的工资按照该企业职工的平均工资计算。