公司破产申请受理后，需要履行清算程序，公司的知识产权专利作为公司财产应当首先用于破产清算。由管理人接管，而管理人一般会通过拍卖、转让等方式处理专利，变现后清偿公司债务。清算后仍存在的知识产权，由公司股东继受。商标权、专利权转移的，应当办理变更手续。

《中华人民共和国企业破产法》第一百一十二条
变价出售破产财产应当通过拍卖进行。但是，债权人会议另有决议的除外。
破产企业可以全部或者部分变价出售。企业变价出售时，可以将其中的无形资产和其他财产单独变价出售。
按照国家规定不能拍卖或者限制转让的财产，应当按照国家规定的方式处理。