新公司法下股东可以采取下列措施来保证权益：股东可以通过申请分配利润、参与重大决策、选择管理者、行使表决权、查阅公司相关文件（公司章程、股东名册、公司债券存根、股东大会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议、财务会计报告）等方式，保护自身合法权益。

《中华人民共和国公司法》第四条
公司股东依法享有资产收益、参与重大决策和选择管理者等权利。
第三十四条
股东按照实缴的出资比例分取红利；公司新增资本时，股东有权优先按照实缴的出资比例认缴出资。但是，全体股东约定不按照出资比例分取红利或者不按照出资比例优先认缴出资的除外。
第九十七条
股东有权查阅公司章程、股东名册、公司债券存根、股东大会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议、财务会计报告，对公司的经营提出建议或者质询。