专利侵权判决发生法律效力后，不会自动撤案。
如果侵权人没有履行法律的判决，被侵权人没有在法律规定的2年期限内申请法院执行，被侵权人就丧失了利用公权力维护自己合法权益的机会了。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十九条，申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。
前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；
法律文书规定分期履行的，从规定的每次履行期间的最后一日起计算；
法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。