针对商铺被侵占的问题，能否以侵占罪提出诉讼，这需要依据具体的案件情况来做出判定。
侵占罪，顾名思义，是指行为人以非法占有为目的，将原本属于他人代为保管的财物、遗忘物或埋藏物非法据为己有，并且在数额上达到了一定程度，同时拒绝归还给原所有者的行为。
如果商铺是由他人合法地委托给行为人进行保管，然而行为人却拒绝归还并实施了非法占有行为，而且其所占有的金额已经超过了法律规定的数额较大的标准，那么这种情况下，行为人就有可能会被认定为犯有侵占罪。
但是，如果商铺的占有并非源于上述法定的情形，例如，行为人通过使用暴力、威胁等非法手段强行占据商铺，那么他可能会被认定为触犯了其他的犯罪，例如抢劫罪、寻衅滋事罪等等。
此外，如果仅仅涉及到普通的民事纠纷，例如租期届满后行为人拒绝腾出商铺，那么通常可以通过提起民事诉讼，请求法院判决返还商铺以及赔偿相应的经济损失等方式来解决。
总的来说，判断某一行为是否构成侵占罪，需要综合考虑侵占的手段、原因、数额等多个方面的因素。

《中华人民共和国刑法》第二百七十条
【侵占罪】将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。
将他人的遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交出的，依照前款的规定处罚。
本条罪，告诉的才处理。