故意销毁财务会计报告罪的立案认定标准包括以下三个方面：
首先，行为人对于涉及到的财务会计报告金额高达人民币五十万元以上的会计凭证、会计账簿和财务会计报告进行故意隐瞒或蓄意销毁；
其次，行为人隐藏、故意销毁或者拒绝上交应向上一级司法机关、行政机关以及相关主管部门提供的会计凭证、会计账簿以及财务会计报告；
最后，存在其他严重情节之情况。

《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第八条
隐匿或者故意销毁依法应当保存的会计凭证、会计账簿、财务会计报告，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）隐匿、故意销毁的会计凭证、会计账簿、财务会计报告涉及金额在五十万元以上的；
（二）依法应当向司法机关、行政机关、有关主管部门等提供而隐匿、故意销毁或者拒不交出会计凭证、会计账簿、财务会计报告的；
（三）其他情节严重的情形。