两案的主要差异在于各自犯罪的客观特征和行为主体的特质。
具体差异如下所述:
首先，妨害公务罪往往必须是通过暴力或威胁等手段来实现，然而，对于拒绝执行法院判决及裁定的案件来说，并未强制要求采用这类刑事手法，实际上，通过欺骗及隐瞒真相、消极抵制以及无端抗议等行为同样可以构成违法；
其次，在行为主体上，妨害公务罪针对的是一般的普通个体，但拒绝执行判决、裁定罪的涉案个体需要具备特定的条件，即必须是对判决、裁定负有执行义务的当事方或是依据相关法律条款对该类判决、裁定承担协助执行责任的人员。

《刑法》第二百七十七条
以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。
以暴力、威胁方法阻碍全国人民代表大会和地方各级人民代表大会代表依法执行代表职务的，依照前款的规定处罚。
在自然灾害和突发事件中，以暴力、威胁方法阻碍红十字会工作人员依法履行职责的，依照第一款的规定处罚。
故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务,未使用暴力、威胁方法，造成严重后果的，依照第一款的规定处罚。
暴力袭击正在依法执行职务的人民警察的，依照第一款的规定从重处罚。