在职务侵占犯罪案件中，由检察机关发起诉讼的流程主要包括以下几个步骤：
首先，1.立案程序。检察机关接获相关举报信息后，将进行细致审核，若判断存在犯罪事实并且具有追究刑事责任的必要，则需启动立案程序；
其次，2.预审调查环节。检察机关随后将展开侦查工作，收集并核验各种证据材料，以期明晰犯罪事实的真相；接着，3.审查起诉阶段。待预审调查工作结束之后，检察机关将对案件进行全面深入的审查，最终决定是否向司法机关提出公诉请求；
然后，4.提起公诉环节。如果检察机关认定犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，且所掌握的证据材料充足确凿，那么他们将会向人民法院提交公诉申请；
最后，5.法院审理阶段。法院在收到检察机关提交的起诉状后，依照法律规定的程序开展审判活动。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十二条：人民检察院认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。