两者的主要区别是：
1、概念不同。非法吸收公众存款罪是指行为人违反国家有关规定，非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款的行为。
集资诈骗罪是指以非法占有为目的，使用诈骗方法非法集资，数额较大的行为。
2、客观方面表现不同。非法吸收公众存款罪表现为，行为人实施了非法向社会公众吸收存款或者变相吸收公众存款的行为。
集资诈骗罪表现为使用诈骗方法非法集资，数额较大的行为。
3、主观方面不同。非法吸收公众存款罪具有非法牟利的目的。但行为人非法吸收公众存款的行为是否已获利，获利数额大小，甚至亏损，资不抵债；
都不影响罪名的成立。只有达到“扰乱金融秩序”的程度的，才构成犯罪。集资诈骗罪具有非法占有集资款的目的。间接故意和过失不构成犯罪。

《刑法》第一百七十六条
非法吸收公众存款或者变相吸收公众存款，扰乱金融秩序的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处二万元以上二十万元以下罚金；
数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金。