仅凭擅自索要并持有公司文件并不必然构成贪污罪。
贪污罪的成立必须满足特定条件，诸如索要文件之目的系为非法占据公共财产，或者是通过滥用职务上所赋予的权力，采取侵吞、盗窃、诈骗或其他方式非法占有公共资产。
若行为人索要文件并非出于非法获取财物利益的动机，亦或是其本身并无享有相关职权的便利条件时，通常难以被判定为贪污罪。

《中华人民共和国刑法》第三百八十二条
【贪污罪】国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。
与前两款所列人员勾结，伙同贪污的，以共犯论处。