在通常情况下，强奸案件中所适用的赔偿款项并不能被轻易地退还回来。
这主要是因为赔偿金额的设定旨在对受害人所承受的身体及精神上的创伤以及经济上的损失进行一定程度的弥补与补偿。
若已就赔偿事宜达成了明确的协议且赔偿金也已经按约定的方式支付给了受害者，除非出现某些特定的情形，诸如赔偿协议的签署是基于欺骗、威胁等非法手段实施的，否则在此情况下，通常不会容许无故地将赔偿退还给肇事者。

《中华人民共和国刑法》第三十六条
【赔偿经济损失与民事优先原则】由于犯罪行为而使被害人遭受经济损失的，对犯罪分子除依法给予刑事处罚外，并应根据情况判处赔偿经济损失。
承担民事赔偿责任的犯罪分子，同时被判处罚金，其财产不足以全部支付的，或者被判处没收财产的，应当先承担对被害人的民事赔偿责任。