没有充足证据对强奸进行定罪需由公安机关补充侦查，如果公安机关补充侦查后，再次送检察院，检察院审查后可以确定起诉或者不予起诉。如果补充侦查后依然证据不足的，可以作证据不足不起诉的处理，或者由检察院自行侦查。

《刑事诉讼法》第五十五条
对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。