当法院撤销拆迁补偿协议后，具体可按以下方式妥善处理：
1.重新协商：
拆迁方和被拆迁方首先可以尝试重新就拆迁补偿事宜展开协商。
在协商过程中，双方需要全面考虑各种实际情况。
比如，要对被拆迁房屋的实际价值进行重新评估，结合当前市场行情，确定合理的补偿金额。
同时，对于补偿方式，是选择货币补偿还是房屋产权调换等，也需根据双方的实际需求和现实条件来确定。
双方要秉持公平、公正、合理的原则，充分沟通交流，争取达成新的一致协议。
2.行政裁决：
若经过多轮协商仍无法达成一致意见，那么当事人可向房屋拆迁管理部门申请行政裁决。
相关部门在接到申请后，会严格依据国家法律法规以及具体的实际情况，对拆迁补偿事宜作出公正、客观的裁决。
他们会深入调查了解双方的诉求和争议焦点，综合各方面因素，给出合理的裁决结果。
3.提起诉讼：
如果当事人对行政裁决结果不满意，可在规定的期限内向人民法院提起行政诉讼。
在诉讼过程中，当事人要充分准备相关证据和材料，通过司法途径来最终确定合理的拆迁补偿方案。
在整个处理过程中，当事人务必注意收集和保留相关证据，如房屋产权证明、协商记录等，以此来维护自己的合法权益。

案情回顾:

小朱的房屋面临拆迁，与拆迁方签订的拆迁补偿协议被法院撤销。之后双方重新协商，在补偿金额和补偿方式上存在争议，未能达成一致。小朱申请行政裁决，对裁决结果不满意，遂提起行政诉讼。

案情分析:

1、重新协商阶段，双方对于房屋实际价值评估及补偿方式存在分歧。拆迁方和小朱应基于公平合理原则，充分考虑市场行情和各自需求确定补偿方案。
2、行政裁决阶段，相关部门需全面调查，公正裁决，综合考虑双方诉求和争议焦点，给出合理结果。
3、诉讼阶段，小朱要准备好房屋产权证明、协商记录等证据，通过司法途径争取合理补偿方案。