一、非法行医罪与医疗事故罪的认定
医疗事故罪，是指医务人员由于严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。二者在客观上都可能造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果，它们的区别主要在于：
1、犯罪主体不同。本罪的主体是不具有医师执业资格的人，而医疗事故罪的主体是医务人员。
2、犯罪主观方面不同。本罪行为人对造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果所持的心理态度，既可以是过失，也可以是间接故意，而医疗事故罪对造成严重不良后果所持心理态度只能是过失。
3、犯罪客观方面不同。本罪造成就诊人死亡或身体健康严重后果的原因既可以表现为责任过失，也可以是技术过失，而医疗事故罪则仅限于责任过失，技术过失不构成犯罪。
二、非法行医致人死亡或严重损害就诊人身体健康与故意杀人罪、故意伤害罪的认定
行为均造成了人员伤亡的后果，区别在于：
1、犯罪主体不同。本罪的主体是特殊主体，限于未取得医生执业资格的人，而后两罪的主体是一般主体。
2、犯罪主观方面不同。本罪行为人对严重不良后果的心理态度是过失和间接故意，而后两罪的主观方面为直接故意或间接故意，不包括过失。
3、发生场合不同。本罪发生于擅自从事医疗活动过程中，而后两罪发生的场合不限于此。
4、犯罪客体不同。本罪侵害的客体是国家对医疗卫生工作的管理制度和公共卫生，而后两罪仅侵犯特定公民的生命健康权利，并不侵害国家对医疗卫生工作的管理制度。
三、非法行医致人死亡或严重损害就诊人身体健康与过失致人死亡罪、过失致人重伤罪的认定
三罪均造成了人员伤亡的后果，区别在于：
1、犯罪主体不同。本罪的主体是特殊主体，即未取得医生执业资格的人，而后两罪的主体是一般主体。
2、犯罪主观方面不同。本罪行为人对严重不良后果所持的心理态度是过失和间接故意，而后二罪的主观方面是过失，不包括间接故意。
3、发生场合不同。本罪发生于擅自从事医疗活动过程中，而后两罪发生的场合不限于此。
4、犯罪客体不同。本罪侵害的客体是国家对医疗卫生工作的管理制度和公共卫生，而后二罪仅侵犯特定公民的生命健康权利。
四、非法行医罪与非法经营罪的认定
非法经营罪，是指违反国家法规，非法进行经营活动，扰乱市场秩序，情节严重的行为。它与非法行医罪的共同之处表现为，都是违背国家许可证制度，都必须情节严重才构成。二者的区别表现在：
1、犯罪客体不同。本罪侵犯的客体是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全。非法经营罪侵犯的客体是市场管理秩序，一般并不侵犯公民的生命健康权利。
2、犯罪客观方面不同。本罪表现为非法从事医疗活动，而非法经营罪表现为非法从事医疗活动以外的其他经营活动。
3、犯罪主体不同。本罪的主体是特殊主体，即通常具备一定的医学知识但未取得医生执业资格的人，而非法经营罪的主体是一般主体。
五、非法行医罪与诈骗罪的认定
诈骗罪，是指以非法占有为目的，用虚构事实或者隐瞒真相的办法，骗取数额较大的公私财物的行为。在客观方面，诈骗罪与非法行医罪中行为人根本不懂医疗知识，却号称自己精通医术，牟取就诊人钱财的行为极为相似，但二者具有本质的不同：
1、犯罪客体不同。本罪侵犯的是国家对医疗机构的管理制度和公众的生命健康安全，诈骗罪侵犯的客体是单一的，即公私财产的所有权。
2、犯罪客观方面不同。本罪行为人主要是利用就诊人缺乏医疗知识，假装自己医术高明而欺骗被害人。诈骗罪行为人则是使用骗术，即以虚构事实或者隐瞒真相的欺骗方法，使财物所有人、管理人产生错觉，信以为真，从而似乎“自愿”地交出财物。
3、犯罪主体不同。本罪的主体是特殊主体，即没有取得医生执业资格的人。诈骗罪的主体为一般主体，即年满16周岁能够负完全刑事责任能力的人。
4、犯罪主观方面不同。本罪表现为间接故意或过失。诈骗罪表现为直接故意。