先协商，协商不成向法院起诉。

运输合同纠纷属于普通民事纠纷，可以通过以下方式处理：
1、协商合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。

《人民调解法》第二条
本法所称人民调解，是指人民调解委员会通过说服、疏导等方法，促使当事人在平等协商基础上自愿达成调解协议，解决民间纠纷的活动《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁《民事诉讼法》第三条
人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。