发生运输合同纠纷的处理方法：
一、协商：
当事人自行协商解决合同纠纷，是指合同纠纷的当事人，在自愿互谅的基础上自行解决合同纠纷的一种方式。
二、调解。
三、仲裁：
即由第三者依据双方当事人在合同中订立的仲裁条
款或自愿达成的仲裁协议，按照法律规定对合同争议事项进行居中裁断。
四、诉讼。

《民法典》第五百四十三条
，当事人协商一致，可以变更合同。