求职补助贷款合同丢了，任何合同的签订都是一式多份的，在教育部门和贷款银行分别有一份备案。即使丢失也不影响正常的贷款发放以及还款。为了避免后续问题，最好到贷款地方申报合同丢失情况。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第十六条
劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。