按照法律规定，如果企业签订的合同是依法成立的，就算公章盖重叠了，并不影响合同的效力，合同依旧是有效的。
如果能够准确地分清两个合同的章的内容就可以认定为合同有效。
但是如果两个合同章重叠后导致章印模糊不清，难以认定，这个时候就难以认定合同未有效。
此时最好的做法是重新写合同。

《民法典》第四百九十条
当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。