解除婚姻关系之后发现双方已经育有子女并不会对他们申请办理房地产证书产生直接且必然的影响。
若在此过程中，双方在曾经签署的离婚协议或者相关法律审理中的判决文书上已经明确了房屋产权的归属问题，那么便应严格遵循这些既定的条款和规定，依法办理相应的房地产证书。
然而，如果在上述文件中并没有明确规定房屋产权的归属，那么就需要双方进行充分的沟通与协商，以达成共识，确定最终的房屋产权归属。
倘若经过努力仍无法达成一致意见，则可以考虑寻求法律援助，通过法律程序重新对夫妻共同财产进行分割，从而明确房屋产权的归属，进而顺利地完成申请办理房地产证书的手续。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十七条
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。