在长期分居达两年之后，如需办理离婚证书，可采取以下两种途径进行处理：
首先，为协议离婚方式，即当事人双方需针对财产分割、未成年子女抚养责任等重要事宜进行全面且充分的磋商并达成一致意见，随后签署正式的离婚协议书。
在此过程中，双方需统一前往当地婚姻登记机构提出离婚申请，待通过离婚冷静期后，便可顺利领取离婚证书。
其次，若双方在协商过程中未能达成共识或者其中一方坚决反对离婚，那么另一方可选择向法院提起离婚诉讼。
在此情况下，法院将依据夫妻之间感情是否已经彻底破裂这一标准来做出裁决。
值得注意的是，分居长达两年的事实，可以被视为证明夫妻感情破裂的有力证据之一。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。