关于商标转让合同纠纷的处理方式主要包括以下几个方面：首先是由双方当事人进行友好协商来解决纷争；如果通过协商仍然无法达成共识的话，当事人可以选择向当地人民法院提起诉讼或提交给有管辖权的仲裁机构进行裁决。其次，对于那些满足法定起诉条件的案件，法院应当在接收到申请后的第七个工作日内正式立案审理，并且及时将相关信息告知当事人；而对于那些不具备起诉资格的案件，法院则需要在第七个工作日之内做出书面裁定，以确认不予受理该案子的决定。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十三条人民法院应当保障当事人依照法律规定享有的起诉权利。对符合本法第一百一十九条的起诉，必须受理。符合起诉条件的，应当在七日内立案，并通知当事人；不符合起诉条件的，应当在七日内作出裁定书，不予受理；原告对裁定不服的，可以提起上诉。