其主要差异及特点如下所述：
首先，在土地属性上存在显著差异，安居房主要作为对拆迁居民的赔偿手段之一，因此其土地性质多为划拨用地；相较之下，商业住宅则主要由房地产开发企业通过招拍挂等出让形式获得土地使用权。
其次，在产权归属层面也有所不同，安居工程住房亦可称之为非完整产权房，即房屋所有权相对完整，但土地使用权却未必如此，而商业住宅则同时拥有这两种权利。
最后，在房屋品质方面，安居工程住房的质量往往不及商业住宅，后者在建筑质量方面更为注重，购房者在购买后通常不会遇到较大的质量问题。

《民法典》第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；
未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。