针对商铺及其运营权利转让所引发的合同纠纷，一般可采用两种方式进行妥善处理：
首先是通过协商手段予以解决；
其次是诉诸于法律机构寻求法律援助。在处理此类纠纷时，各方当事人应先行尝试通过友好协商的方式来解决问题，如果协商无果，那么便可以选择采取法律诉讼的途径。只要各方能够就争议事项达成共识，那么便可以通过协商的方式加以解决；反之，若协商未能取得预期效果，那么便只能选择向法院提起诉讼以维护自身合法权益了。

《民法典》第五百三十条债权人转让权利的，应当通知债务人。未经通知，该转让对债务人不发生效力。