处理商铺买卖合同纠纷的方法主要包括：首先应由当事人双方自行协商，以尊重协议约定为原则；若无法达成一致意见，则可寻求相关机构予以调解；如调解未果且存在相应仲裁条款的情况下，申请人有权依法申请仲裁；如果既不存在仲裁条款又不能通过调解解决纠纷，则原告方有权向适当的司法机关提起诉讼。

《民法典》第四百七十条
合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。