关于股权争议案件的司法管辖权的确立程序，主要有以下几种方式可以参考：
首先，对于以股权转让协议为起源而引发的诉讼案件，应当由被告方的居住所在地或合同执行地所在的县级以上人民法院拥有民事审判权限；
其次，若案情系源于对股东身份资格的确证诉讼请求，那么应当将案件提交至对应公司注册登记地所属的县级以上人民法院进行审理；
最后，如果当事人在股权转让协议中已经明确约定了管辖权的具体行使地点，并且该约定并不违反相关法律法规的规定，则应按照双方的约定来确定管辖法院。

《中华人民共和国民事诉讼法》
第十七条基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。
第十八条中级人民法院管辖下列第一审民事案件：
(一)重大涉外案件;
(二)在本辖区有重大影响的案件;
(三)最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。
第十九条高级法院管辖
高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审民事案件。
第二十条最高人民法院管辖下列第一审民事案件：
(一)在全国有重大影响的案件;
(二)认为应当由本院审理的案件。
第二十一条对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖;被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。
对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民法院辖区的，各该人民法院都有管辖权。