通常来讲，在进行车辆痕迹鉴定时，申请鉴定的那一方得先把鉴定费用给垫付了。
等鉴定结果出来后，到底由谁来承担这笔费用，就得看鉴定结果所确定的责任归属。
要是鉴定结果表明车辆痕迹和某一方的责任有关系，那这一方就应该承担鉴定费用。
可要是双方都有责任，或者责任很难确切地确定下来，一般就由双方去协商怎么分担这笔费用。
要是双方协商不拢，那就得由法院根据案件的具体情况来做出判决。
总之，鉴定费用的承担主体不是一成不变的，得依据具体的鉴定结论以及案件的实际情况来最终确定到底由谁来承担。
比如说在一个交通事故的案件中，如果是因为一方违规驾驶导致车辆留下了特定的痕迹，那么按照规定，这违规的一方就需要承担鉴定费用；
但要是双方都存在一些不当行为，或者很难分清到底是谁的责任导致了车辆痕迹的出现，那双方就只能通过协商或者让法院来决定怎么分担这笔费用了。